第一代國產的馬自達6，與發動機搭配的是4速手自一體變速器和5速手動變速器。整體而言，第一代馬自達6與基本保持了海外版的原汁原味。2006年第一代馬自達6改款，更換了全新的6速手動變速箱和5速自動變速箱，同時也正式將馬自達6Wagon（旅行版）和掀背版國產，動力上馬自達6旅行版在國內搭載了2.3L發動機配備5速手自一體變速器。
第二代馬自達6與2.0L、2.5L發動機搭配的依然是6速手動和5速手自一體變速器，這也與海外版車型保持一致，然而在2006年一汽轎車以第一代馬自達6平臺為設計基礎，推出的了一汽奔騰B70，現在已經用上了6擋手自一體變速箱。
與第三代馬自達6車型2.0L、2.5L發動機搭載的變速箱有兩款，分別是手動變速器（SKYACTIV-MT）以及自動變速器（SKYACTIV-DRIVE），2.0L普通版及2.0L高功版可以選擇手動變速器與自動變速器，而2.5L發動機只搭載自動變速器。
——手動變速器（SKYACTIV-MT）
結構輕量化
盡管自動擋的普及率越來越高，馬自達依然沒有忘記把手動變速器也歸入到SKYACTIV技術中。與發動機等方面的改進一樣，SKYACTIV-MT變速器的改進也重點放在變速器結構的輕量化上面，SKYACTIV-MT除了重量減小，尺寸也更為緊湊，變速器的手感也更佳，能給駕駛者更好的駕駛感受。
——自動變速器（SKYACTIV-DRIVE）
優化液力變矩器內的鎖止離合器
大家知道，AT變速器的動力損耗主要就在那個傳遞動力同時緩沖換擋沖擊的液力變矩器上面，而要解決這部分的損耗，目前通行的辦法就是在液力變矩器里面再加一個鎖止離合器，最通俗的說，就是液力變矩器相當于兩組風扇，而鎖止離合器就相當于一些螺栓把兩組風扇固定在一起——也就是說當換擋完成之后，鎖定液力變矩器，這個時候相當于發動機和變速器齒輪組是硬連接，其傳動效率可以與手動變速器相當。
馬自達不但優化了液力變矩器內部的鎖止離合器，同時還盡可能擴大了離合器鎖止的工況范圍，這樣一來，AT車型的油耗自然也就和手動擋并駕齊驅，甚至有的比手動擋車型還低了。
除開以液力變矩器和行星齒輪組為核心的AT變速器之外，SKYACTIV-DRIVE也有CVT無級變速器和DCT雙離合變速器的類型，這兩種變速器的平順性和經濟性從目前應用的情況看，也是相當不錯的，比如日本本土版的馬自達2（日本國內稱為Demio），就已經采用了SKYACTIV-DRIVE系列的CVT無級變速器，平順的動力傳輸加上較高的傳動效率，很適合馬自達2這樣的小車。
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